研究与数据 · 开发者工具

Alphafold MCP Server

augmented-nature/alphafold-mcp-server

AlphaFold MCP服务器提供对AlphaFold蛋白质结构数据库的全面访问,包含结构检索、置信度分析、批量处理和可视化准备等丰富工具。

安装

客户端配置

{
  "mcpServers": {
    "alphafold-server": {
      "command": "node",
      "args": [
        "/path/to/alphafold-server/build/index.js"
      ]
    }
  }
}
分类
研究与数据, 开发者工具
许可证
MIT
更新于
2026年10月6日

工具(19)

  • get_structure

    Retrieve AlphaFold structure prediction for a specific UniProt ID.

  • download_structure

    Download AlphaFold structure file in specified format.

  • check_availability

    Check if AlphaFold structure prediction is available for a UniProt ID.

  • search_structures

    Search for available AlphaFold structures by protein name or gene.

  • list_by_organism

    List all available structures for a specific organism.

  • get_organism_stats

    Get statistics about AlphaFold coverage for an organism.

  • get_confidence_scores

    Get per-residue confidence scores for a structure prediction.

  • analyze_confidence_regions

    Analyze confidence score distribution and identify high/low confidence regions.

  • get_prediction_metadata

    Get metadata about the prediction including version, date, and quality metrics.

  • batch_structure_info

    Get structure information for multiple proteins simultaneously.

  • batch_download

    Download multiple structure files.

  • batch_confidence_analysis

    Analyze confidence scores for multiple proteins.

  • compare_structures

    Compare multiple AlphaFold structures for analysis.

  • find_similar_structures

    Find AlphaFold structures similar to a given protein.

  • get_coverage_info

    Get information about sequence coverage in the AlphaFold prediction.

  • validate_structure_quality

    Validate and assess the overall quality of an AlphaFold prediction.

  • export_for_pymol

    Export structure data formatted for PyMOL visualization.

  • export_for_chimerax

    Export structure data formatted for ChimeraX visualization.

  • get_api_status

    Check AlphaFold API status and database statistics.

本页信息摘自该项目的 README。 查看 README

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